조세특례제한법 일부개정법률안

현행 법령은 「고등교육법」에 따른 학교법인이 토지 및 건물(이하 ‘토지등’)에 해당하는 수익용 기본재산을 양도하고 1년 이내에 다른 토지등에 해당하는 수익용 기본재산을 대체취득하는 경우 양도차익을 해당 사업연도의 익금에 산입하지 아니하고 3년간 거치한 후 3년간 균분하여 익금에 산입할 수 있도록 하고, 유가증권 등 대통령령으로 정하는 수익용 기본재산을 양도하고 1년 이내에 다른 유가증권 등 수익용 기본재산을 대체취득하는 경우에는 그 양도차익을 해당 사업연도의 익금에 산입하지 않을 수 있도록 과세이연의 특례를 두고 있음. 그런데 최근 학령인구 감소, 등록금 인상 제한, 고정지출 증가 등으로 인해 학교법인의 재정 악화가 심화되고 있으나 현행의 과세이연 요건은 학교법인이 이를 활용하여 재정을 확충하는 데 상당한 제약이 되고 있음. 특히, 저수익 자산인 토지를 보유하고 있는 대학들이 많은데 이를 고수익 자산으로 대체취득하는 경우 과세이연이 적용되지 않는 결과 저수익 자산을 그대로 보유해야 하는 불합리가 초래되고, 토지등은 그 특성상 1년이라는 대체취득 시한은 충분하지 않으며, 3년 이후에는 필연적으로 법인세를 납부하여야 하는 결과 학교법인이 재정을 유연하게 운용하는 데 제약이 되고, 실질적인 조세 부담 완화 효과는 떨어지고 있음. 사립대학은 정부가 감당할 수 없는 교육 수요와 이에 따른 재정 지원에 대한 공적 책임을 민간차원에서 나누어 부담하고 있는바, 이러한 사회적 책임을 고려하여 학교법인에 대한 세제 정책은 조세 징수 목적보다는 세제 지원의 성격을 가지고 있어야 함. 이에 토지등에서 다른 수익용 기본재산으로의 대체취득을 과세이연 대상에 포함시키고 그 대체취득 시한을 기존 1년에서 2년으로 연장하여, 학교법인 현장의 실정에 맞게 과세이연 제도를 개선함으로써 학교법인이 수익용 기본재산을 적절히 활용하여 효과적으로 재정을 건전화할 수 있도록 지원하려는 것임(안 제104조의16제1항 및 제2항).